L’Islam apparaît en Afrique noire avec la conquête de l’Égypte par les Arabes au VIIème siècle. Il se propage ensuite vers le Sud, en Nubie. Il pénètre aussi par l’Ethiopie et sa côte, qui n’est séparée de l’Arabie que par la Mer Rouge. La religion musulmane s’étend alors sur toute la côte de l’Afrique orientale, véhiculée par les marchands arabes.

Dés le IXème siècle, les navires marchands fréquentent la côte des ‘ zandjs ‘ ou des ‘ noirs ‘. Les voyageurs y développent le commerce de l’or et de l’ivoire et finissent par s’implanter sur la côte et les îles. De cette implantation, naît une civilisation, la civilisation swahilie, issue du métissage entre Arabes et Africains, dont l’Islam est la religion. Cette civilisation élabore sa propre langue, le swahili, écrit en caractères arabes sur une base grammaticale africaine bantoue, avec plus de 40 % du vocabulaire empruntés à l’arabe et au persan. Les états marchands swahilis commercent dans tout l’Océan Indien et vont jusqu’aux Comores et Madagascar, où l’Islam s’implante aux XIème et XIIème siècles. Ils entretiennent d’étroites relations avec l’Inde et la Chine.

Lamu fut parmi les plus riches et brillants comptoirs musulmans et l’archipel demeure encore le principal centre régional d’études musulmanes. À Lamu, l’histoire religieuse fut marquée au début du siècle par un personnage, vénéré aujourd’hui comme un saint. Lors de la fête du Maulidi, des processions mènent les pèlerins sur sa tombe. Habib Saleh appartenait à la communauté des Masharifu, installés tardivement à Lamu dont l’origine serait les Comores ou le yémen. Il arriva en 1886 dans la ville pour parfaire son éducation religieuse. Il s’installa dans le quartier aristocratique de Mkomani, chez son oncle, lui-même sharifu mais lié depuis longtemps à la noblesse. Après l’obtention de sa licence, il ouvrit un commerce à Langoni, le quartier des anciens esclaves, et établit des relations privilégiées avec ces derniers, les encourageant à envoyer leurs enfants dans les écoles coraniques, qu’il ouvrit pour eux. Il créa ainsi une nouvelle communauté que rejoignirent les Hadrami et les Bajuns. En 1900, cette association se matérialisa par la construction de la mosquée de Riyadha, qui devint par la suite un centre éducatif réputé sur toute la côte Est Africaine. Les Masharifu devinrent les maîtres de la sphère religieuse et jouèrent le rôle d’unificateurs des classes sociales. La population les respecte et les voit même d’un oeil craintif : Pêcher contre un sharifu, c’est aussi pêcher contre le prophète Mohamed. Habib Saleh mourut en 1935 et ses descendants directs se sont succédés à la tête de la mosquée de Riyadha.

Même si l’islam de cette région demeure marqué par des emprunts locaux, c’est la règle musulmane classique qui y reste pratiquée. Cette règle marque la vie sociale, notamment au niveau de la condition de la femme, peu développée.