Les Coptes se réclament à la fois des pharaons et des premiers chrétiens. Jusqu’au IV e siècle, l’Égypte, convertie au christianisme par saint Marc, avait adopté le monachisme né dans le désert, afin de fuir les persécutions romaines. Les premiers conciles oecuméniques de Nicée (325) et de Constantinople (381) surent préserver l’unité des Églises de la Méditerranée mais c’est au concile d’Éphèse (431), que l’évêque Nestorius refusa à la Vierge Marie le titre de « mère de Dieu », donnant au Christ une nature divine et une nature humaine. Plus tard, à Chalcédoine (451), un nouveau concile refusa la théorie selon laquelle le Christ était d’essence purement divine, sa part humaine n’étant qu’apparente car pour les chrétiens, le Christ devait être sans division.

Egypte, Assouan, cathedrale copte

Une mauvaise interprétation du mot physis (unité de personne et dualité de nature) fit que les Coptes donnèrent à ce vocable non le sens de « nature » mais de « personne » et rejetèrent la décision du concile. Les Coptes furent considérés à tort comme monophysites, donc hérétiques. Naquit une nouvelle Église d’Égypte, aujourd’hui réconciliée avec l’Église catholique et avec les autres Églises orthodoxes. 
Vers 320, un aristocrate de Tyr nommé Frumence fut vendu comme esclave au roi d’Éthiopie. Il gagna de l’importance et fonda des oratoires destinés aux marchands grecs qui faisaient escale en Afrique. Voulant donner à sa communauté un statut religieux, il se rendit en Égypte où il fut sacré évêque. À son retour en Éthiopie, il en convertit la population. Ainsi naquit une Église d’Éthiopie, dirigée depuis Alexandrie, jusqu’en 1959. Il en sera de même de la Nubie et du Soudan évangélisés par des coptes jusqu’au XV e siècle. Selon la tradition, la Suisse aurait été évangélisée par des légions thébaines coptes, au III e siècle… 
Le patriarche de l’Église copte orthodoxe est actuellement le pape Shénouda III depuis 1971, 117e successeur de la prédication de saint Marc. Diplômé de théologie, poète, prédicateur. Il a été assigné à résidence par le président Sadate au Wadi Natroun de 1981 à 1985, en raison de tensions surgies entre l’Église et l’État sous la pression des intégristes musulmans. La communauté copte, diaspora comprise, s’évalue à 7 millions d’individus.