Six ans après la mort du prophète Mahomet, sous le deuxième calife Omar, l’Égypte, province de Byzance, est convoitée par les Arabes tant pour sa situation stratégique que pour la fertilité du Nil. 
En décembre 639, les armées arabes entrent en basse Égypte. Elles atteignent la banlieue du Caire puis la ville se rend en 641. La conquête se poursuit par la haute Égypte et puis toute l’Afrique du Nord. La première capitale de l’Égypte islamique devient Fostât (Vieux Caire). La lente islamisation s’effectue jusqu’au milieu du IXe siècle : arabisation des coptes, utilisation de la langue arabe par les commerçants et les artisans, exemption d’impôts pour les nouveaux convertis.

Egypte, Alexandrie, la mosquee Abou El Abbas

L’administration demeure toutefois placée sous l’autorité des coptes jusqu’au XII e siècle. Au IXe siècle, une dynastie locale, les Toulounides, prend le pouvoir. Le niveau de vie augmente, l’architecture et l’art sont en plein développement, la religion est tolérante et le pays commerce avec l’Inde et la Méditerranée. 
En 909, une nouvelle dynastie venue d’Afrique du Nord s’installe en Égypte : les Fatimides. Ils imposent une doctrine religieuse, le chiisme. Une nouvelle capitale est créée près de Fostât : Le Caire. Les Fatimides règnent en Égypte durant deux siècles. Cette période représente pour l’art, la luxuriance de l’écriture coufique, l’introduction de matières nobles telles le cristal de roche, l’or ou l’ivoire. La vie intellectuelle se manifeste par un prosélytisme avec la « maison de sagesse » (ou Dâr al-Hikma). Mais l’Iraq retrouve sa première place dans le monde arabe grâce aux princes seldjoukides qui font perdre la Syrie aux Fatimides. Les souverains d’Alep interviennent alors en Égypte, mettant sur le trône le vizir du dernier calife fatimide, un kurde du nom de Saladin qui fonde la dynastie Ayyoubide (nom de sa lignée). 
Saladin (ou Salah ed-Dîn) rétablit l’autorité religieuse du calife sunnite de Bagdad. Le rôle des Ayyoubides sera surtout de chasser les Croisés de Syrie et de faire disparaître le chiisme d’Égypte. Saladin prend Jérusalem afin de décapiter le royaume des Francs et conclut la paix en 1121. La rébellion des esclaves (mamelouk en arabe) contribue à la chute des Ayyoubides en 1125.
La période mamelouke se partage en deux. De 1250 à 1381 règnent les Mamelouks bahrites (du nom du fleuve Bahr sur lequel se trouvait leur premier casernement), puis de 1382 à 1517, les Mamelouks circassiens ou borjites (leur caserne était établie dans la Citadelle du Caire, chèques). Les Mamelouks mettent fin aux Croisades (prise de Saint-Jean d’Acre en 1291, suivie de celles de Sidon et de Beyrouth). L’Égypte devient le premier marché de transit en terre d’islam, elle commerce avec les Génois, les Catalans, les Pisans, les Vénitiens, les Marseillais et se procure en Europe le bois et le fer dont elle manque. On construit énormément dans la ville du Caire en introduisant des influences extrême-orientales dans tous les domaines. Cependant, la découverte de la nouvelle route des Indes en 1498 par Vasco de Gama ruine économiquement le pays. Le dernier sultan mamelouk laisse sa place à Sélim Ier, un Ottoman dont la dynastie règne à Istanbul. Celui-ci entre au Caire en avril 1517. Avec la domination ottomane, l’Égypte entre en léthargie jusqu’en 1798 quand Bonaparte débarque.