Le lac Victoria
avec une superficie de 83 000 km², est le deuxième lac d'eau douce du monde, mais sa profondeur ne dépasse pas 83 m. A une altitude de 1 133 m, il appartient aux trois pays riverains : Kenya, Tanzanie, Ouganda.
Le lac Tanganyka
(Tanzanie, Burundi, Zaïre, Zambie) est un des plus remarquables lacs de fossé. Sa surface est à une altitude de 775 m et le fond à 660 m au-dessous du niveau de la mer. Sa superficie est de 32 000 km².
Le lac Malawi
(Tanzanie, Mozambique, Malawi) mesure 580 km de long pour 30 à 80 km de large, sa plus grande profondeur atteint 233 m au-dessous du niveau de la mer. Les autres lacs qui se succèdent dans la Rift Valley sont de dimensions beaucoup plus modestes et dépourvus d'émissaires, ils s'apparentent plus à des bassins lacustres. Ils ne sont alimentés que par les eaux de pluie et leur niveau dépend donc des aléas des précipitations.
Le lac Natron
à proximité de la frontière Kenya-Tanzanie, est long de 55 km et large de 24 km. Ses dépôts salins sont exploités pour le sel de cuisine.
Le lac Manyara
a une superficie de 479 km², il est lui aussi alcalin et peu profond.
Le lac
voit sa superficie varier considérablement selon les saisons. Rempli par les eaux de pluies en novembre, il peut ne présenter que quelques flaques boueuses, dans lesquelles se réfugient hippopotames, crocodiles et poissons, si la saison sèche se prolonge.

La Rufiji
draine le réseau hydraulique le plus important d'Afrique orientale. Deux affluents principaux la rejoignent, la Luwego et la Great Ruaha. La Rufiji devient navigable en aval des chutes, après sa confluence avec la Great Ruaha.
La Ruvuma
longue de 920 km, dessine la frontière entre la Tanzanie et le Mozambique.
La Pangani
prend sa source entre les monts Meru et Kilimandjaro. Longue de 350 km, elle se jette dans l'océan Indien face aux îles de Pemba et Zanzibar.