Les fleuves les plus importants sont le Yaque del Norte, qui se perd dans l'Océan Atlantique près Monte Cristy, le Yaque del Sur qui se jette dans le Mer des Caraïbes et le Yuna, dont l'embouchure se trouve près de la ville de Sánchez, dans la Région Nord-Ouest. Le pays compte plusieurs lacs. Le plus important, le Lac Enriquillo, se trouve dans la région sud-ouest. Dans un paysage désolé, il s'étend sur 30 km de long à 45 m en dessous du niveau de la mer avec une salinité trois fois supérieure à celle de l'océan. Il abrite une faune et une flore spécifiques. La plus grande de ces trois îles, l'Isla Cabritos, mesure 12 km de long et constitue à elle seule un parc national. C’est le lac le plus étendu des Caraïbes.